Het gedicht vertelt over de reis die een jonge theologiestudent, Clarel, vol geloofstwijfels maakt naar Jerusalem en door het Heilig Land in de hoop z’n geloof te vernieuwen op de plaatsen waar Jezus geleerd en geleden had. Al zijn eigen geloofstwijfels, heel z’n innerlijk leven heeft Herman Melville erin uitgeschreven, heen en weer slingerend tussen geloof en twijfel. Ook Spinoza komt in Clarel voor en wel als een ‘visionair’ en met de typering als in de kop van dit blog opgenomen.
In Gethsemane ontmoet Clarel de tegenpolen Vine en Rolfe. Rolfe is protestant maar ook een religieuze scepticus die historische sporen zoekt om de vraag naar Christus’ goddelijkheid te beantwoorden. Vine is een kalme man wiens geloofsvoorbeeld Clarel hoopt te kunnen navolgen. Samen gaan ze op zoek naar belangrijke plekken in het Heilige Land, zoals naar de wildernis waar Johannes de Doper predikte, en naar Bethlehem. Onderweg ontmoeten ze Margoth, een afvallige joodse geoloog die spot met het geloof.