Bernards vader was Emanuel Nieuwentijt, predikant te Westgraftdijk, zijn moeder Sarah d'Imbleville. In november 1684 trouwde hij met Eva Moens, op 29 maart 1699 voor de tweede maal met Elisabeth Lams. Beide huwelijken bleven kinderloos.
Nieuwentijt studeerde geneeskunde in Leiden, waar hij van de universiteit werd verwijderd, en Utrecht. Hij stond sterk onder de invloed van de natuurkundige ideeën van Descartes en zou zich ook bij aanhangers van Spinoza thuis hebben gevoeld. Later nam hij afstand van dit radicalisme. Na zijn studie oefende hij enige tijd de medische praktijk uit in zijn geboortedorp Westgraftdijk. In 1682 werd hij benoemd tot stadsarts van Purmerend en werd er burgemeester.