Scheuchzer, zoon van een stadsarts van Zürich, was hoogbegaafd, ging als 3-jarig kind al naar school, als 7-jarige naar de Latijnse school en als 12-jarige het hoger onderwijs. Van 1692 medicijnen, botanica, wiskunde en astronomie in Altdorf bei Nürnberg en vanaf 1693 aan de Universiteit Utrecht, waar hij in 1694 promoveerde. Direct ondernam hij een studiereis door de Alpen. Terug in Zürich moest hij tot 1695 wachten tot één van de vier officiële stadartsen overleed om dit ambt te kunnen uitoefenen. In febr. 1696 werd hij curator van de 'Bürgerbibliothek' en tegelijk bestuurder van de Kunstkammer. In deze functies verrichtte hij zijn wetenschappelijk onderzoek, waarmee hij internationaal bekend werd.
In zijn boek Jobi physica sacra, probeerde hij wonderlijke Bijbelse gebeurtenissen vanuit natuurwetten te verklaren, wat als ketterij werd gezien. Hij kreeg zijn boek in Zwitserland niet gedrukt. Van 1731 tot 1735 werd het boek uiteindelijk in Augsburg gedrukt.
Hij kon de Latijnse en Duitse versies nog gereed krijgen, maar maakte de uitgave ervan niet meer mee. Physica sacra (4 delen, Augsburg en Ulm, 1731 – 1735). Na zijn dood werd het boek ook in het Frans en Nederlands vertaald: Geestelyke natuurkunde (15 delen, Amsterdam, 1735-1738).